1. Աղայանը առաջնությունը տալիս էր մայրենի լեզվի ուսուցմանը, բարոյական և գեղագիտական դաստիարակությանը, դեմ էր մարմնական պատիժներին:
2. Աղայանի մանկավարժության հիմնական թեզն էր երեխաներին պատրաստել կյանքի համար, ապահովել նրանց համակողմանի-ներդաշնակ դաստիարակությունը և զարգացումը՝ մտավորի, բարոյականի, գեղագիտականի, ֆիզիկականի, աշխատանքայինի միասնականությամբ:
3. Նրա կարծիքով պետք էր դպրոց մտցնել ռեալական-բնագիտական առարկաներ, ճշգրիտ գիտելիքներ, դասավանդմանը գործնական բնույթ տալ, կապել կյանքի հետ։
4. Նա գտնում էր, որ ուսումնական գործընթացը պետք է լինի համակարգված ու հաջորդական, սովորողների ակտիվությամբ ու ինքնուրույնությամբ, մատչելի, զննական, յուրացումը հաստատուն, գիտակցված, տրամաբանական։
5. Մեթոդների ընտրության հարցում ընդունելի է համարում ամեն մի նպատակահարմար, երբեմն մերժելի թվացող միջոց, հնարք, եղանակ, միայն թե չաղճատվի դասի բովանդակությունը, չմթագնի նպատակը։
6. Աղայանը կարևորել է աշխատանքային դաստիարակության դերը, ֆիզիկականը և մտավորը պետք է հաջորդեն միմյանց, արհեստը ընդհանուր զարգացման վրա բարերար ազդեցություն ունի, աշխատանքը կյանքի հիմքն է, առանց դրա չի կարող լինել ոչ մի դաստիարակություն:
7. Աղայանը նույն խորաթափանցությամբ կարևորել է նաև ֆիզիկական դաստիարակության դերը։ Առողջ սերունդներ ունենալու նախապայմանը «մարմնավարժությունն» է: Իսկ դրա գրավականներն են՝ զբոսանքներ, շրջագայություններ, ֆիզիկական աշխատանք, մարզում, վարժություններ, խաղեր:
